Aðalfundur Samfés fer fram ár hvert þar sem aðildarfélög koma saman til að ræða hin ýmsu mál, deila reynslu og mynda tengsl. Annað hvert ár er aðalfundur Samfés haldinn utan höfuðborgarsvæðisins sem gefur aðildarfélögum mikilvægt tækifæri til að fá innsýn í starfsemi félagsmiðstöðva og ungmennahúsa við mismunandi aðstæður í sveitarfélögum landsins.

Á aðalfundi eru hefðbundin aðalfundarstörf eins og skýrsla stjórnar, samþykkt ársreiknings og kosning formanns og annarra stjórnarmanna til tveggja ára í senn. Þá er einnig dagskrá Samfés fyrir komandi starfsár lögð fram, lagabreytingatillögur yfirfarnar og afgreiddar og kosið um aðildarumsóknir.